1.對于企業基礎管理水平的要求不同。精益講求的是循序漸進，在真正實現以需求拉動式的準時化生產前，對企業的5S目視化與設備自主保全體系以及員工的多技能等方面都有較高的要求，否則拉動不能實現，或者短期局部的拉動也因為設備、人員、品質的變動而不能夠有效維持，這也是眾多企業家擔心的“反彈”；六西格瑪法明確了企業存在的目的是賺取利潤，對于處于不同水準的企業通過界定自身的問題而開展持續的DMAIC循環活動，并不是說處于3西格瑪以下的企業不適合推行六西格瑪，事實上它適合于各行各業不同水準的企業。
2.思想范疇不同。精益立足于拉動式的準時化生產，消除的是在企業生產活動中產生的在工在庫的浪費，精益思想追求的是用最佳的資源配置來最快的滿足顧客的要求。六西格瑪法是一種得到科學優化的解決問題的思想流程，在沒有界定問題的核心之前，避免盲目行動，如同現代管理中的戴明循環一樣，六西格瑪所倡導的DMAIC成為企業解決核心問題的思想武器，企業應用六西格瑪既可以解決直接生產部門的問題，也可以解決研發、銷售以及采購等間接生產部門的問題，精益生產是企業運用六西格瑪法消除企業生產中浪費的一件利器。
3.解決問題的出發點不同。精益生產以減少7種MUDA為核心目標，直接對癥下藥，六西格瑪則從顧客的要求（VOC/VOB/COPQ）出發，（六西格瑪的六大特征），通過自上而下的政策方針展開，列出所有需要解決的課題，從中選擇對顧客最具影響力的課題作為六西格瑪課題實施。
4.對財務效果的認識不同。精益生產方式的實現，因為7種浪費的消除或減少，主觀上對企業的財務經營產生貢獻，客觀上這種貢獻的大小對企業財務環境的影響沒有經過科學分析和規劃（財務貢獻或許是微乎其微的），六西格瑪的一個直接特征就是以財務成果為中心，運用帕雷托法則選擇最能為企業帶來利潤的課題來實施，也就是說不賺錢或賺錢少的課題不被優先選擇。
5.系統化的工具使用。精益生產在解決問題時更多地依賴專家的經驗，應用了顧客價值流分析，動作分析和時間測定，工廠設施布置技術，Jidoka(自動化)和防錯法，多能工的訓練，5S/TPM等多項技術。六西格瑪法可以應用包括上述工具在內的一切可以應用的工具，但不是各種工具的簡單堆砌，而是邏輯性地將各種工具有機地結合在一起，掌握了這一方法，既是不是某一領域的專家，也可以快速地逼近解決方案。
6.統計知識的應用。相比精益生產而言，六西格瑪法應用了大量的統計技法，通過對指標進行量化和分析，來驗證你所作出的判斷，從而避免解決問題時的憑經驗，憑直覺，或者想當然。經驗固然重要，六西格瑪法集中了團隊組織中全體智慧，把實際問題轉化為統計問題（建立數學模型)
現在越來越多的公司已經把兩者結合，即所謂的“精益六西格瑪”，而實際上兩者也確實有不可分割的聯系，比如在工具方法里都強調5S的重要性，把它作為實施的基礎。
